Mais do que para fazer obras, no período colonial, o estabelecimento de vilas pelo território brasileiro respondia à necessidade de se estabelecer a justiça. Afinal, sem garantias de justiça, os colonos não se sentiam seguros para se fixarem no território. É possível que a Vila de Nossa Senhora da Conceição de Jacareí, criada em 1653, tenha correspondido a essa demanda. Naquele tempo, a administração da justiça local era desempenhada pelos juízes ordinários, ligados à Câmara de Vereadores ou pelo juiz de fora.
Em 1700, por carta régia de 29 de outubro, o rei de Portugal instalou a Comarca de São Paulo, em substituição à Ouvidoria-Geral. Assim, junto com as vilas de Santos, São Vicente, Itanhaém, Cananéia, Paranaguá, São Francisco, Taubaté, Guaratinguetá, Itú e Sorocaba, a justiça de Jacareí ligou-se à Comarca da sede da Capitania. Em 1811, a Comarca de São Paulo foi dividida em 03: São Paulo, Curitiba e Itú, e Jacareí permaneceu ligada a ela.
Com a chegada da Corte Portuguesa ao Brasil, em 1808, o rei D. João VI iniciou uma série de reformas que colaboraram para a progressiva autonomia da justiça brasileira em relação à estrutura portuguesa. Numa sequência de ordens e alvarás régios, ele estabeleceu os juízes privativos do crime, juízes de fora, ouvidores, corregedores, o Supremo Conselho Militar e de Justiça, o Tribunal da Mesa do Desembargo do Paço, e elevou a Relação do Rio de Janeiro à Casa de Suplicação, dando os contornos do Supremo Tribunal de Justiça no Brasil. É possível dizer que, quando a colônia do Brasil se transformou em Reino Unido à Coroa Portuguesa, em 1815, nossa justiça já estava praticamente independente das estruturas de Portugal.
Logo após a Independência, a Constituição de 1824 determinou a independência do Poder Judiciário no Brasil. A carta definia que "o poder judicial independente seria composto por juízes de Direito e Jurados", que atuariam no ramo do "cível" e do "crime". Os juízes de Direito eram perpétuos, mas, como traço do exercício do Poder Moderador, a prerrogativa de suspendê-los ou transferi-los ficou reservada ao Imperador. Havia ainda oficiais de Justiça e Juízes de Paz, responsáveis por estabelecer processos de conciliação entre os litigantes antes da abertura de processos judiciais. Para julgamentos em segunda estância, havia um Tribunal de Relação em cada Província do Brasil. Finalmente, na Capital do Império, havia o Supremo Tribunal de Justiça, que cuidava e revisava causas ligadas aos erros dos Juízes de Direito, de Relação, do Corpo Diplomático, dos Presidentes das Províncias e deliberava sobre conflitos de jurisdição entre as Relações.
Os juízes de Paz foram definitivamente instituídos através de Lei Imperial de 15 de outubro de 1927. De acordo com ela, em cada freguesia ou capela curada do território deveria haver um Juizado de Paz, com um juiz e um suplente, eleitos como os vereadores. Eles promoviam a conciliação das partes e podiam julgar causas cíveis (até 16$000) e criminais (até 100$000), julgavam as contravenções às posturas municipais e cuidavam dos órfãos.
Assim, os juízes de Paz eram figuras de importantes no cotidiano das cidades imperiais. Além das competências judiciárias, eles deveriam dividir as freguesias em quarteirões e nomear um inspetor para cada um. Nesse arranjo, eles desempenhavam funções policiais como coibir desordens, ajuntamentos, bêbados e mendigos. Entre outros, controlavam os comportamentos públicos, com possibilidades de proceder a formação da culpa, conceder fiança e prender os culpados. Davam autorizações para o uso de armas e conservavam as matas e florestas, proibindo o corte ilegal da madeira.
No universo eleitoral, os juízes de Paz eram responsáveis por qualificar votantes e eleitores e presidir a mesa de votação primária, além de fazer o alistamento para a Guarda Nacional e realizar a eleição dos oficiais. Junto à administração dos distritos, os juízes de Paz faziam listas de moradores, concediam passaportes, indicavam jurados, oficiais de justiça e escrivães de paz.
Em 1832, a promulgação do Código do Processo Criminal esclareceu as bases da estrutura jurídica mais longeva do Império. Manteve, nas Províncias, as divisões em distritos de paz, termos e comarcas. Os distritos de Paz eram compostos por 75 quarteirões, onde havia um Juiz de Paz e seus ajudantes. Nos termos, havia um juiz municipal, um Conselho de Jurados, um promotor público e um escrivão de execução e oficiais de justiça. As comarcas, por sua vez, funcionavam com um juiz de Direito, que presidiam o Conselho de Jurados e inspecionavam o funcionamento dos Juízos Municipais e dos Juízos de Paz.
No embalo dessa organização, por Ato do Presidente da Província de 23 de fevereiro de 1833, o Termo de Jacareí ficou ligado à 2ª Comarca da Capital, junto com São José, Paraibuna, Mogi das Cruzes, Santa Isabel, Santo Amaro, Parnaíba, Bragança e Atibaia.
O Termo de Jacareí foi reunido ao Termo de São José, através do decreto provincial nº 162, de 10 de maio de 1842, mas, dez anos depois, pela lei provincial nº 11, de 17 de julho de 1852, foi estabelecida a Comarca de Jacareí, com jurisdição sobre o território da cidade.