Em 22 de novembro de 1653, o povoado de "Nossa Senhora da Conceição da Parahyba", da Vila de Santana de Mogi Mirim, foi elevado à "Vila de Nossa Senhora da Imaculada Conceição de Jacareí". Ganhou autonomia administrativa e sua Câmara de Vereadores passou a emitir posturas e normas para a administração do ordenamento local. Erigiu pelourinho, cadeia pública e recebeu um "juiz de fora".
Localizada numa curva do rio Paraíba do Sul, a vila de Jacareí era lugar privilegiado para a travessia. Por isso, durante o período colonial, era um importante pouso para comerciantes e tropeiros que rumavam para os portos do litoral da capitania ou para a região das minas. Por ali também passavam mascates que abasteciam os arraiais do Vale do Paraíba e do interior de São Paulo, além de vendedores de escravos.
Jacareí tornou-se cidade em 03 de abril de 1849, embalada pela economia do café. O núcleo urbano recebeu casarões, lojas, igrejas e outros equipamentos públicos. Formavam-se pequenas fábricas artesanais de velas, tijolos e aguardente.
A partir da década de 1870, com a chegada da ferrovia, o centro comercial deslocou-se do platô ao redor da igreja matriz para a região da estação ferroviária. A cidade recebeu grupos de trabalhadores livres, principalmente imigrantes italianos, árabes e belgas que se estabeleceram no comércio, fábricas e nos empregos municipais.
Naquele tempo, formaram-se grupos políticos ligados aos movimentos em favor da abolição da escravatura e pela República.
No começo do século 20, levas de japoneses se instalaram em colônias agrícolas ao redor do centro. A cidade contava com rede de serviços urbanos de abastecimento de água, eletricidade, calçamento, ginásios e escolas, casas de saúde, prédios e outras benfeitorias. Havia clubes e associações, que promoviam festas religiosas, torneios de esporte e participavam dos eventos políticos do Estado, como a Revolução Paulista de 1932 ou a mobilização para a Força Expedicionária Brasileira em 1942.
Com a abertura da Rodovia Presidente Dutra, no início dos anos de 1950, Jacareí recebeu um impulso de industrialização, com a chegada de fábricas de grande porte - inclusive multinacionais - que ampliaram a oferta de empregos e a economia municipal.