A Escola Técnica Estadual "Cônego José Bento" foi criada pelo cônego José Bento em fins do século 19, para funcionar como orfanato. Chamava-se "Colégio São Miguel de Jacareí" e manteve suas atividades até 1887.
Conta-se que, depois disso, a escola passou a ser administrada pela Diocese de Taubaté, que assumira o espólio do Cônego José Bento e sua intenção de continuar a obra pedagógica. Nesse tempo, a Diocese adquiriu um grande terreno em Jacareí onde construiu prédios e acomodações para que crianças e jovens recebessem educação gratuita.
Convicto do "desenvolvimento da agrimensura e da pecuária" no Vale do Paraíba, em 1935, o Governo do Estado de São Paulo firmou um convênio com a Diocese de Taubaté para instalar uma escola profissionalizante de agricultura em Jacareí, usando as dependências do Colégio São Miguel. Afinal, no centro de Jacareí, os 33 alqueires do terreno permitiam "transpor um pedaço do campo para a zona urbana".
A nova escola pretendia formar técnicos que construíssem máquinas agrícolas e que atuassem nas fazendas ao longo dos trilhos da Estrada de Ferro Central do Brasil, funcionando em consonância com outras escolas agrícolas mantidas pelo Estado na região.
Assim, nasceu a Escola Profissional Agrícola-Industrial Mista de Jacareí, vinculada à Secretaria Estadual de Educação e Saúde Pública. Era uma instituição para moças e rapazes, no regime de externato e internato, que recebia até 35 órfãos mantidos pelo governo. O ensino incluía formação em Língua Portuguesa e Higiene, Economia Rural, Economia Agrícola Geral e Especializada, Agrimensura, Tecnologia Agrícola, Ciências Físicas e Naturais, Zootecnia e Veterinária, Geografia Econômica e História do Brasil, Aritmética, Álgebra e Geometria, Desenho, Mecânica, Ferraria, Caldearia e Serralheria, Fundição e Modelagem, Fornaria, Costura, Economia Doméstica e Puericultura e Confecções com roupas brancas, rendas e bordados.
Em 1940, a escola recebeu o nome de seu patrono, Cônego José Bento, mas, com o passar dos anos, mudou de nomes várias vezes: Escola Prática de Agricultura (1956), Ginásio Estadual Agrícola (1964), Colégio Técnico Agrícola Estadual (1969), Escola Estadual de 2º Grau (1976), Escola Técnica Agrícola Estadual de 2º Grau (1992), Escola Técnica Agrícola Estadual (1994), e Escola Técnica Estadual (1999).
Ao mesmo tempo, a Escola assimilou outras atribuições. Em 1943, com a nova Lei Orgânica do Ensino Industrial, o curso independente de Mecânica Industrial foi suspenso. Logo depois, a escola foi transferida à subordinação do Departamento do Serviço Social da Secretaria de Estado da Justiça. Por isso, entre 1946 e 1947, seus alunos e trabalhadores foram removidos, enquanto a escola passou a receber somente meninas menores num programa de assistência social. Entretanto, o arranjo durou pouco e, já no final de 1947, a escola retornou à sua vocação original e à subordinação à Secretaria da Educação.
Mesmo assim, a escola continuou a desenvolver atividades que excediam o ensino rural. Havia práticas de esportes, ações artísticas e culturais e educação cívica. Os estudantes participavam de campeonatos de futebol de salão, judô e xadrez, de olimpíadas agrícolas com desafios de Soroban - jogo matemático com ábaco -, festas juninas, desfiles e até dos concursos de Bandas e Fanfarras promovidos pela Rádio Record ou a TV Excelsior nas décadas de 1960 e 1970. Além disso, o complexo abrigava uma escola de ensino primário regular para atender às crianças que moravam em seus arredores e sediava as edições anuais da Feira Agropecuária e Industrial de Jacareí - FAPIJA, organizada pelo Sindicato Rural de Jacareí.
Em 1954, a Escola Agrícola de Jacareí foi transformada em Escola Agrotécnica, acompanhado a legislação federal sobre o Ensino Agrícola e, no ano seguinte, o governo de São Paulo desapropriou sua sede. Em 1956, a escola passou a ser administrada pela Secretaria de Agricultura de São Paulo, voltando à pasta da Educação em 1964. Depois disso esteve vinculada à Secretaria da Ciência e Tecnologia e Desenvolvimento Econômico (1992-2006).
A partir de 2007, a Escola Agrícola de Jacareí tornou-se a ETEC Cônego José Bento, sob a administração do Centro Paula Souza - CPS, autarquia ligada à Secretaria de Desenvolvimento Econômico. O Centro Paula Souza administra as instituições de ensino médio e profissional em centenas de cidades paulistas através de Escolas Técnicas - ETEC's - e Faculdades Tecnológicas - FATEC's.
Entre essas alterações administrativas, a Escola Agrícola de Jacareí ampliou sua grade curricular e incorporou cursos nas áreas de Administração, Informática, Química, Meio Ambiente e Logística, alguns deles na modalidade de Ensino à Distância. Passou também a desenvolver programas extracurriculares e de apoio técnico-pedagógico, como a "Cooperativa-Escola" e os projetos "Memória do Trabalho, da Técnica e do Ensino Profissional" e "Rio Paraíba do Sul: Preservando o Futuro".