Até o final do período imperial, vereadores e presidentes das Câmaras Municipais brasileiras acumulavam funções legislativas e de administração local. As atribuições eram diferentes de localidade para localidade e, ao longo dos séculos, mudavam constantemente, de acordo com o vai-e-vem das medidas de centralização e descentralização política do governo.
Com a proclamação da República, o funcionamento das Câmaras Municipais foi suspenso, mas o movimento em favor da partição dos poderes políticos no Brasil tomou vulto. Em janeiro de 1890, o governo provisório de São Paulo publicou o decreto nº 13, criando os "Conselhos de Intendência Municipal", com membros nomeados pelo governador. Esses conselhos absorveram as atribuições administrativas das Câmaras Municipais.
Em nível federal, a suspensão das Câmaras perdurou até 1892. Em São Paulo, a Presidência do Estado instituiu os poderes Executivo e Legislativo nos municípios através do decreto nº 86, de 06 de julho daquele ano. A partir daí, os intendentes ficaram com as prerrogativas da administração executiva das cidades.
Nos primeiros anos, o intendente era escolhido entre os vereadores, mas, a partir de 1906, com o decreto estadual nº 1.038, a escolha do chefe do poder Executivo nas cidades paulistas passou a ser por eleição e ganhou o nome de "Prefeito". Um ano depois, a lei estadual nº 1.103, de 26 de novembro dispôs dobre a organização municipal definindo que, à exceção das cidades de São Paulo, Campinas e Santos - onde a eleição era feita por sufrágio direto -, os prefeitos seriam escolhidos entre os vereadores, por eleição indireta, e teriam mandatos de 3 anos.
Em janeiro de 1908, Francisco Antunes da Costa tomou posse na Prefeitura de Jacareí, inaugurando o formato do Poder Executivo municipal no período republicano na cidade. A estrutura administrativa, então, dividia-se entre a "Secretaria Geral", que cuidava dos serviços urbanos e a "Tesouraria Municipal".
Essa organização persistiu com algumas alterações até 1950, quando, numa grande reforma administrativa, os serviços da Prefeitura foram organizados em torno de uma "Secretaria da Prefeitura", uma "Seção de Obras", uma "Seção de Serviços Públicos" e uma "Seção de Finanças e Contabilidade".
Em 1964, nova reforma alterou a estrutura de funcionamento da Prefeitura, que passou a contar com Departamentos e "serviços". Eram eles: "Gabinete do Prefeito", "Procuradoria Municipal", "Departamento de Administração", "Departamento da Fazenda", "Departamento de Serviços Urbanos", "Departamento de Obras e Viação", "Serviço de Assistência Social", "Serviços de Oficinas", "Biblioteca Macedo Soares" e "Guarda Municipal".
A partir de então, a estrutura administrativa de Jacareí mudou diversas vezes, com a criação e substituição de repartições embaladas pelo surgimento de novas demandas de serviços urbanos e de controle burocrático. Apareceram os Conselhos Municipais de Ensino, de Esportes e de Cultura Artística e de Turismo, os Serviços de Alimentação Escolar (1970), de Estradas e Rodagem (1971), Odontológico (1974) e de Educação e Cultura, além da Junta de Recursos fiscais (1964).
Na década de 1970, algumas repartições e serviços transformaram-se em "Departamentos". A lei municipal nº 1.634/74 instituiu os Departamentos de "Fazenda", "Administração", "Obras e Viação", "Jurídico" e de "Serviços Urbanos", bem como os órgãos ligados à gestão da Saúde e Educação municipais, os "Serviço de Educação e Cultura" e "Serviço de Assistência Médica e Social".
Em seguida, surgiram o "Serviço Municipal do Trânsito" (1976) e os Conselhos de "Defesa do Meio Ambiente" (1977) e de "Defesa do Consumidor" (1978). Em 1977, os serviços de Saúde e Educação transformaram-se em departamentos.
Somente em 1982 as repartições do primeiro escalão municipal receberam o nome de "Secretarias". Elas reproduziam, em grosso modo, as feições administrativas anteriores. Assim, além do "Gabinete", o Poder Executivo de Jacareí passou a funcionar com a "Secretaria de Administração", "Secretaria de Finanças" e "Secretaria de Negócios Jurídicos". Para a prestação dos serviços públicos, foram formadas as "Secretaria de Educação e Cultura", "Secretaria de Transportes e Trânsito", "Secretaria de Obras e Viação", "Secretaria de Bem-estar Social" e "Secretaria de Serviços Municipais".
A administração autônoma dos distritos, embora prevista nas leis do início do século 20, foi implantada em Jacareí somente na década de 1980, através da lei municipal nº 2.185/84, que criou a "Secretaria de Governo" e as administrações dos distritos. Assim, surgiram duas sub-prefeituras: uma no Distrito da Meia Lua e outra no do Distrito São Silvestre. Nesse movimento de ampliação da máquina pública, foram criadas também as "Secretaria do Planejamento", "Secretaria de Obras e Meio Ambiente" e a "Secretaria de Saúde e Higiene". A pasta de Educação e Cultura recebeu novas competências, transformando-se na "Secretaria da Educação, Cultura e Turismo".
Em 1986, foi criada a Assessoria de Imprensa e Relações Públicas da Prefeitura, que se transformou em Secretaria de Comunicação em 1994.
Já nos anos de 1990, as funções de Educação foram separadas da Cultura e Turismo, com a formação da Secretaria de Educação. Esta década assistiu uma constante de mudanças administrativas, com o surgimento de novas pastas, transferências de atribuições, mudanças de nomes, desativações e outros movimentos. Em primeiro escalão, merecem destaque a criação das "Secretaria de Agricultura e Abastecimento" (1993), "Secretaria de Esportes e Recreação" (1994) e da "Secretaria de Segurança e Defesa Civil" (1998). Ainda nesse intervalo, foi criada a "Secretaria de Indústria, Comércio e Turismo" (1996), que funcionou somente por dois anos. Também foi extinta a "Secretaria de Habitação", que havia sido criada em 1987.