O Colégio Nogueira da Gama foi fundado em 24 de julho de 1893, pelo educador paulista Lamartine Delamare Nogueira da Gama, na "Chácara do Leões", uma propriedade próxima ao centro de Jacareí. Era um internato e externato de ensino primário e secundário, para meninos de 7 a 16 anos.
O prédio era um dos mais bem equipados da cidade. Tinha um sistema próprio de abastecimento de água potável e de esgoto, salas de aula, laboratórios, gabinetes de Física, Química e História Natural, biblioteca, sala de música, refeitório, lavanderia, enfermaria, moradia para diretores e espaços para administração. Anexos ao pavilhão principal, ficavam os dormitórios dos estudantes do internato. A entrada era decorada com uma estátua da deusa Minerva, que, segundo a crônica local, rendeu à cidade o apelido de "Atenas Paulista".
O curso ginasial durava seis anos e a disciplina era rigorosamente observada. Os alunos do internato permaneciam na escola durante toda semana, voltando às casas nos sábados e domingos, mas eram estimulados a trocarem cartas com familiares a cada quinze dias. As faltas de conduta desdobravam-se em proibições de saídas.
O programa de ensino do Colégio Nogueira da Gama incluía cursos de Matemática, Lógica, Aritmética, Trigonometria, Geometria, Desenho, Física, Química, Mecânica, Astronomia, Português, Grego, Latim, Francês, Inglês, História, Literatura, Geografia e História Natural. Junto do curso regular, havia apresentações de música e teatro, conferências, palestras e outras atividades culturais que se estendiam à toda sociedade jacareiense.
Em 1899, através de um decreto do Presidente Campos Salles, o colégio tornou-se "Ginásio Nogueira da Gama", com as mesmas características do Ginásio Nacional do Rio de Janeiro, considerado, então, a melhor escola do Brasil. Ao final do curso, seus alunos recebiam o título de "bacharel em Ciências e Letras", podendo ingressar nas universidades do Brasil e do exterior.
Nesse tempo, o ginásio passou a receber estudantes de vários lugares do Brasil e ampliou seu corpo docente. Entretanto, a criação do exame de seleção para o ingresso em cursos superiores, em 1911, levou o fechamento do ginásio. Em 1920, o colégio foi reaberto na cidade de Guaratinguetá.